中医系成立于2020年8月，是学校最年轻的二级机构，全系教师19名，其中正高级职称1名，副高级职称1人，拥有硕士以上学历10人。

中医系现设置有中医学、针灸推拿和中医康复三个专业，实训室5间，在校生1525人；第一届中医康复专业学生80名，就业率达到98.9%；第一届中医专业学生21名正在实习中。

中医系秉承“传承、融合、自强”的文化理念，将课外社团活动与职业岗位需求、与专业课程标准、与社会服务意识、与中医药特色文化传播的融合，开展人才培养模式的探索与创新，全面推进全员、全程、全方位育人。在学习内容上立足中医并适度向广西民族医药方向拓展；在教法上以“六个一”模式融合教、学、做，使课内学习与课外应用实践紧密结合；在组织上强化党、政、工、团、社团、学生的主体作用；在标准上以需求为导向，基于“课内能用、课外能传”的要求建立健康科普作品的评价标准，纳入学生评价的考核内容。

中医系能开展保健按摩师和保健调理师的等级鉴定，以及养生推拿和小儿推拿的专项能力鉴定，目前已经鉴定廖1200多人。